电子投标系统上传的投标书与纸质版内容不一致，以哪个为准？

根据《电子招标投标办法》(施行时间:2013年) 第三十一条，当招标文件规定以电子投标文件为准时，应优先采用电子版本。若系统上传的电子投标书已完成加密提交并通过验证，即使后续纸质文件存在差异，仍以电子版为准。但若招标文件明确要求“双轨制”且注明“纸质文件为主”，则从其约定。实践中，（2023）浙民终789号案认定，在无特别说明情况下，经CA认证的电子文件具有更高证据效力。